初人們使用的是傳統過氧乙酸，也稱為二元過氧乙酸。但這種過氧乙酸使用時需提前至少24小時混合，無法立即使用，且穩定性差，具有腐蝕性，連續使用時間短，大大提高了清洗消毒內鏡的成本。經過不斷的實驗研究，一元型過氧乙酸應需而生，在連續使用穩定性以及腐蝕性方面都有很大的改善。
一元過氧乙酸殺菌主要依靠自身強大的氧化能力，通過氧化作用使酶失去活性，導致微生物死亡。此外，過氧化氫和乙酸協同作用，可改變細胞內的酸堿度從而損傷微生物。
禽畜養殖場所消毒
一元過氧乙酸作為酸性消毒劑，對非囊膜病毒（口蹄疫病毒、豬水皰病病毒及雞法氏囊病毒）有的殺滅能力。
